1968年，中英文中学的会考分别改名为香港英文中学会考（Hong Kong Certificate of Education Examination (English)）及香港中文中学会考（Hong Kong Certificate of Education Examination (Chinese)），科目成绩只用等级，不再把等级分为“及格”“不及格”等类。以前考生需于五科达至“及格”以上才获发会考证书，且须包括数组科目，未达要求者俗称“落第生”。落第生没有会考证书，令日后升学求职都有困难，而历年均有不少考生落第。（例如1967年英文中学会考，18792名参加考取会考证书的考生中，有8163名不及格，占全体的43.4%。  ）有些考生即使已有五科以上及格，甚至已有八科及格，但因未能在某组科目内取得一科及格，仍被当作落第。 （当时考生最多可报考九科。）会考的种种问题，令当时公众对会考存废作出不少议论。为减轻考生害怕“落第”的压力，会考从1968年起改制，取消科目分组制，改为科目独立制，所有考生都可获得会考证书。这一新制度自此一直沿用。

合并会考
   1971年政府公布将香港英文中学会考委员会和香港中文中学会考委员会，合并为香港中学会考委员会，主办1972年及1973年的中英文中学会考，并于1974年将之合并为香港中学会考（Hong Kong Certificate of Education Examination），考生可选择应考英文或中文卷。  原来两个会考的科目课程亦逐步划一。会考合并后，仍有部份科目课程尚未合并，就以课程甲、课程乙分别称原来中中会考和英中会考课程，课程甲只用中文应考，课程乙只用英文应考。   由于当时香港中学数学有“旧数”（分为算术、三角、几何、代数四个独立范畴的传统课程）和“新数”（以现代数学结构和概念为基础的改革课程，起因于美国的新数学运动。）两套课程，而两个会考的相应课程至1975年才合并，因此1974年会考数学科有四个课程：用新数课程的课程甲、课程乙，以及用旧数课程的同等课程甲、同等课程乙。1976年会考，除英文科外，所有科目课程合并完成。而英文科就一直保持两个课程，两者深浅不同，直至2007年英文科改革为止。1974年会考亦把原来的中国语文科，分拆为中国语文和中国文学两科。  当时考生各科应考语言会注明在会考证书上。后来考试局接受教育统筹委员会建议，从1986年会考起取消注明应考语言。当时，会考答案都会刊登在报纸上。